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農林水産技術会議

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次世代シーケンサーのデータ解析技術

第251回農林交流センターワークショップ

FASTQ形式の解析データと結果表⽰のブラウザ

  近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要性は急速に高まりました。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が進み、自らデータを取得しかつ解析することが多くの研究過程で求められています。
  本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、NGSデータを扱う実践的な力を身につけることを目標とします。コマンドラインでのさまざまなデータ解析を学び、NGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。

開催要領・日程


開催要領・日程表 :(WORD : 88KB) / (PDF : 250KB)  ※令和8年10月7日更新
※掲載用のニュースは、こちらからダウンロードをお願いいたします。(PDF : 427KB)

開催日時


令和8年11月11日(水曜日)-11月13日(金曜日) ※3日間

開催場所


農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
情報通信共同利用館(電農館)3階 セミナー室(茨城県つくば市観音台2-1-9)

対象


産学官の試験研究機関の研究者で、次世代シーケンサーのデータ解析技術に関心のある方

 ※Linux/Unixの基礎的なコマンドを理解し操作できて、例えば、lessコマンドの扱いなどに説明を要しないことを前提とします。申し込み多数の場合、実データを所有し、すぐに解析の必要性のある方を優先します(ネットワーク環境は、こちらで準備したものをご使用いただきます。実習で使用するノートPCは諸条件をご確認の上ご持参ください。)。

コーディネーター


国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構)
基盤技術研究本部 高度分析研究センター ゲノム情報大規模解析グループ
グループ長 川原 善浩  ・ 主任研究員 熊谷 真彦

定員


20名(全日程に参加することとし、代理の方の参加は認めていません)

参加費


無料(※受講後のアンケートの回答は必須です(5~15分程度)。)

その他


【重要】以下の条件を満たすノートPCをご持参ください。

  1. OS:Windows11/MacOS ver15.0以降/Linux Ubuntsu 22.04 LTS 以降、または同等のLinuxディスとリビュージョン。
  2. Wi-fi接続可能で、SSHによりリモートサーバへ接続できること。
    • Windows:PowerShell(OpenSSH)またはMobaXtermなど
    • MacOS:Terminal.app,iTerm2など
    • Linux:標準ターミナル

 ※OSは、最新の状態に更新してご持参ください。
 ※トラブル対処のため、管理者権限でもログイン可能なノートPCをご持参ください。
 ※ファイアウォール設定などでインターネットやTCP 22番ポート(SSH)への通信が制限されていないこと。
 ※ご所属機関のセキュリティポリシー等により、条件を満たすノートPCを持参できない場合は、koryu7129[at]maff.go.jpまでご相談下さい(メール送信時[at]は、@に変更してください。)。

その他ご不明な点がございましたら、下記担当者までご連絡ください。


講義と実習内容

令和8年11月11日(水曜日)

09時30分-09時35分   開講  本ワークショップについて(農研機構高度分析研究センター 川原 善浩)
09時35分-10時30分   実習  NGSデータ概論(川原 善浩)
10時30分-12時00分   実習  ゲノムシーケンシングデータを処理する(1)(農研機構高度分析研究センター 熊谷 真彦)
13時00分-14時30分   実習  ゲノムシーケンシングデータを処理する(2)(熊谷 真彦)
14時40分-15時40分   特別講義
(1) 
 公共データからのウイルス探索と、宿主応答に基づくウイルス性質推定法 (大阪大学  川崎 純菜)
15時40分-16時40分   特別講義
(2) 
 育種におけるNGSを用いた遺伝学解析
(リージョナルフィッシュ株式会社・京都大学  ジェフリ・フォーセット)
16時40分-17時00分   総合討論   質疑応答含む(全講師)

令和8年11月12日(木曜日)

09時30分-12時00分   実習  VCFデータを”いじってあそぼ!" ~分子系統解析や集団遺伝学的解析をやってみる時間~
(農研機構高度分析研究センター 矢﨑 裕規)
12時10分-12時50分   ★  ランチョンセミナー(自由参加)
 既存プログラムをつなげる~生成AIを活用してみる~ (農研機構高度分析センター 田中 剛)
13時00分-16時00分   実習  ゲノム新規アセンブル(農研機構高度分析センター 矢野 亮一)

令和8年11月13日(金曜日)

09時30分-12時00分   実習  メタゲノム解析の基礎(農研機構高度分析センター 熊谷 真彦)
13時00分-16時00分   実習  RNA-Seqによる大量発現データ解析(農研機構高度分析センター 川原 善浩)
16時00分-16時00分   閉講  


お申し込み方法

募集は終了しました。


受講決定


選考結果につきましては、10月8日(木曜日)に申込者へBCCにてメール送信済みです。ご確認ください。

お問合せ先

農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  担当者
電話:029-838-7136 メール:koryu7129★maff.go.jp (※メール送信時、★印を@に変更してください。)

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