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農林水産技術会議

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第227回農林交流センターワークショップ

次世代シーケンサーのデータ解析技術(オンライン講習会)

趣旨

   近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要は急速に高まりました。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が著しいことから、自らデータを取得し、かつ解析することが多くの研究過程で必須となっています。
   本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、NGSデータを扱う実践的な力を身につけることを目標とします。コマンドラインでのデータ解析を学び、また、我々が公開しているウェブサービスを利用することにより、NGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。

開催日時


2021年9月16日(木曜日)-9月17日(金曜日)

受講方法


農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センターから配信にて開催。
インターネット環境とPCがあれば、自席からご参加頂けるオンライン形式です。

対象


産学官の試験研究機関の研究者で、次世代シーケンサーのデータ解析技術に関心のある方
※Linux/Unixの基礎的なコマンドを理解し操作できて、例えばlessコマンドの扱いなどに説明を要しないことを前提とします。実習はサーバーにログインして行うため、ウインドウズにおけるTeraTermのような端末など必要なプログラムを自力でインストールして事前に環境整備できること、セキュアな接続のために固定IPアドレスを準備可能なこと(グローバルIPアドレス)も要件とします。
申込み多数の場合、実データを所有していてすぐに解析の必要性のある方を優先します。

コーディネーター


国立研究開発法人  農業・食品産業技術総合研究機構  高度分析研究センター 
ゲノム情報大規模解析ユニット ユニット長 坂井 寛章
ゲノム情報大規模解析ユニット 主任研究員 熊谷 真彦

定員


20名(全日程に参加することとし、代理の方の参加は認めていません)

参加費


無料(受講後のアンケート回答は必須です(5~15分程度))

その他


本オンラインセミナーの録画・録音・撮影はご遠慮ください。
 ※本年度より受講者側でのAdobe Connectのインストールが不要になりました。
    指定のブラウザ(Chrome/Edge/Safari/Firefox いずれか)よりアクセスして下さい。

 ※Webカメラは不要ですが、マイク機能のついたノートPCまたは、ヘッドセットをご用意下さい。


講義と実習内容

2021年9月16日(木曜日) 

09時00分-09時05分 【挨拶】「本ワークショップについて」 坂井 寛章(農研機構 高度分析研究センター)
09時05分-10時00分 【実習】「ログイン準備、NGSデータ概説」 坂井 寛章
10時00分-12時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する」  坂井 寛章
13時00分-16時30分 【実習】「ゲノム新規アセンブル」  矢野 亮一(農研機構 高度分析研究センター)
16時30分-17時00分 【実習】「質疑応答」 熊谷 真彦(農研機構 高度分析研究センター) 

2021年9月17日(金曜日)

09時00分-12時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析」  川原 善浩(農研機構 高度分析研究センター)
13時00分-14時00分 【実習】「NGSデータ解析のGalaxyによる実現(1)」  熊谷 真彦
14時00分-15時30分 【実習】「NGSデータ解析のGalaxyによる実現(2)」 熊谷 真彦
15時30分-16時00分 【実習】「質疑応答」 熊谷 真彦



お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2021年8月5日(木曜日)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 (WORD : 80KB) (PDF : 247KB)
申込書 (WORD : 27KB) (PDF : 227KB) 
アンケート  (WORD : 107KB) (PDF : 226KB)


(2) 上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方で全日程受講希望者)

こちらのお申込フォームよりお申し込み下さい。

受講者決定

2021年8月18日頃メールにてお知らせ致します。

お問合せ先

農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  鈴木(すずき)、木暮(きぐれ)
電話:029-838-7136  メール:koryu7129.gif
お問い合わせフォームへ