第184回農林交流センターワークショップ

PCR-DGGEによる土壌微生物相解析

趣旨

土壌微生物は、土壌病害の発生や養分供給などの面から農作物の生産に非常に深く関わっています。従来、土壌の生物性評価には各種の培養法が用いられてきました。しかし、土壌中の微生物の大部分は培養そのものが困難であるということが広く認識されるのに伴い、土壌から直接抽出したeDNA（environmental DNA）を利用する培養非依存型の微生物相解析技術が盛んに用いられるようになってきています。そうした技術の一つとして、PCR-DGGE法（変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法）があります。この技術は、土壌微生物相を電気泳動のバンドパターンとして視覚化するものであり、土壌間の微生物相の比較や優占微生物種の同定を可能にします。

本ワークショップでは、農林水産省プロジェクト研究「土壌微生物相の解明による土壌生物性の解析技術の開発（平成18年～22年度）」で策定した標準マニュアルに則って土壌細菌相のPCR-DGGE解析を行います。特に、これからPCR-DGGEによる微生物相解析を行いたいという方がスムーズに研究を開始できるよう、土壌DNA抽出及びDGGEの各手順を実際に体験していただく実習中心のプログラムを予定しています。

開催日時	2014年8月7日（木曜日）－8月8日（金曜日）
開催場所	農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所 筑波農林研究交流センター 第1セミナー室および研修実験室（つくば市観音台2-1-9) （独）農業環境技術研究所（つくば市観音台3-1-3）
主催	農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波事務所 （独）農業環境技術研究所
対象	産学官の試験研究機関の研究者
コーディネーター	（独）農業環境技術研究所 生物生態機能研究領域          主任研究員 星野（高田） 裕子 氏
定員	18名
参加費	無料
交通費・宿泊費	各自負担（筑波事務所の国内研修生宿泊施設をご利用頂けます。） 宿泊施設予約の有無は、受講決定後にお伺いいたします。

講義と実習内容

2014年8月7日（木曜日）

11時00分-11時05分	【挨拶】農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波事務所 研究交流課長 池田 仁
11時05分-12時00分	【講義】「PCR-DGGEによる微生物相解析の基礎」農業環境技術研究所 星野（高田）裕子
13時00分-17時15分	【実習】「土壌からのDNA抽出、DGGEゲル作製とサンプルの泳動」星野（高田）裕子

2014年8月8日（金曜日）

09時00分-09時40分	【講義】「農業分野におけるPCR-DGGE法活用の現状及び関連プロジェクト紹介」               農業環境技術研究所インベントリーセンター長 對馬 誠也
09時40分-10時00分	【講義】「PCR-DGGE法に基づく微生物相の解析を土壌病害の診断に役立てる」               農業環境技術研究所生物生態機能研究領域主任研究員 吉田 重信
10時00分-12時00分	【実習】「土壌からのDNA抽出(続き)、DGGEゲルの染色」星野（高田）裕子
13時15分-14時45分	【講義】「ゲルイメージの取り込み」星野（高田）裕子
15時00分-16時00分	【実習】「DGGEパターンの解析手法等」星野（高田）裕子