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農林水産技術会議

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第231回農林交流センターワークショップ

次世代シーケンサーのデータ解析技術

趣旨

   近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要は急速に高まりました。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が著しいことから、自らデータを取得し、かつ解析することが多くの研究過程で必須となっています。
   本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、NGSデータを扱う実践的な力を身につけることを目標とします。コマンドラインでのデータ解析を学び、また、我々が公開しているウェブサービスを利用することにより、NGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。

開催日時


2022年11月16日(水曜日)-11月18日(金曜日)

開催場所


農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
情報通信共同利用館(電農館)3階セミナー室(つくば市観音台2-1-9)
 ※新型コロナウイルス感染症の発生状況により、オンライン開催へ変更となる場合がございます。

対象


産学官の試験研究機関の研究者で、次世代シーケンサーのデータ解析技術に関心のある方
 但し、Linux/Unixの基礎的なコマンドを理解し操作できて、例えばlessコマンドの扱いなどに説明を要しないことを前提とします。申込み多数の場合、実データを所有していてすぐに解析の必要性のある方を優先します。
(※会場開催の場合、PCとネットワーク環境はこちらで準備したものをご使用頂きます)

 なお、オンライン開催へ変更となった場合でも、実習はサーバーにログインして行うため、ウインドウズに
おけるTeraTermのような端末として動くようなソフトウエアなど、必要なプログラムを自力でインストールして事前に環境整備できること、セキュアな接続のために固定IPアドレスを準備可能なこと(グローバルIPアドレス)も要件とします。

コーディネーター


国立研究開発法人  農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構)
基盤技術研究本部 高度分析研究センター  
ゲノム情報大規模解析ユニット
ユニット長 坂井 寛章  ・  主任研究員 熊谷 真彦

定員


20名(全日程に参加することとし、代理の方の参加は認めていません)

参加費


無料(受講後のアンケート回答は必須です(5~15分程度))

その他
(重要)


【申込み前に、必ずご一読下さい】
 ワークショップ開催期間中は、新型コロナウイルス感染症予防対策として、必ずマスクを着用頂き、手指の消毒をこまめに行って頂きますようお願い致します。開催当日の状況に応じて、筑波産学連携支援センターが実施する新型コロナウイルス感染症対策を遵守頂きます。
また、開催当日、発熱や倦怠感などの疑わしき症状がある場合は事務局に必ずご連絡頂き、ワークショップへの参加を控えて頂きますようお願い致します。

【オンラインへ変更の場合の対応について】
 新型コロナウイルス感染症の発生状況により会場開催が困難と判断された場合、オンライン開催へ変更となる可能性があります。原則、オンラインへ変更となる場合は、受講者決定の10月13日頃より前にご連絡致します。
 但し、先の見通しが立たない状況が続いておりますので、受講者決定後に状況が急激に悪化した場合、直前のご連絡となる可能性もあります。その際は、事務局より速やかにメールまたはお電話にてご連絡致します。
 なお、開催方法の変更に付随して発生する費用(交通・宿泊取消料等)は補償致しませんので予めご了承下さい。当センター宿泊施設をご利用の場合、取消料は不要です。


講義と実習内容

2022年11月16日(水曜日) 

09時00分-09時05分 【挨拶】「本ワークショップについて」 坂井 寛章(農研機構 高度分析研究センター)
09時05分-10時30分 【実習】「NGSデータ概論」 田中 剛(農研機構 高度分析研究センター)
10時30分-12時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する(1)」  坂井 寛章
13時00分-14時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する(2)」  坂井 寛章
14時00分-17時00分 【実習】「ゲノム新規アセンブル」 矢野 亮一(農研機構 高度分析研究センター) 

2022年11月17日(木曜日)

09時00分-12時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の基礎」  川原 善浩(農研機構 高度分析研究センター)
13時00分-15時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の応用」  川原 善浩
15時00分-17時00分 【講義】  未定(※外部専門家による講義を予定しております。)

2022年11月18日(金曜日)

09時00分-11時00分 【実習】「メタゲノム解析の基礎」  熊谷 真彦(農研機構 高度分析研究センター)
11時00分-12時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(1)」  田中 剛
13時00分-15時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(2)」  田中 剛



お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2022年10月6日(木曜日)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 (WORD : 82KB) (PDF : 278KB)
申込書 (WORD : 27KB) (PDF : 229KB)
アンケート (WORD : 108KB)  (PDF : 226KB)


(2) 上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方で全日程受講希望者)

お申込フォームからお申し込み下さい。

受講者決定

2022年10月13日頃メールにてお知らせ致します。

お問合せ先

農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  渡部(わたなべ)、木暮(きぐれ)
電話:029-838-7136  メール:koryu7129.gif
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