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農林水産技術会議

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第215回農林交流センターワークショップ

植物科学・作物育種におけるフェノーム解析-はじめて画像解析を行う研究者のための入門実習-

趣旨

  近年、先端的工学技術の生物研究への応用が急速に進んだことで、共通の性質を持つ生体分子の情報を大量かつ高感度に取得する網羅的分子生物学研究が可能になりました。一方で、多様な対象を扱う表現型の大規模解析(フェノーム)においては、特定の技術の汎用的利用が困難であり、個々の研究者のニーズに対応した解析方法の開発が不可欠です。
  本ワークショップでは、植物を対象とした顕微鏡から圃場までの様々なレベルのフェノーム研究を講義により紹介するとともに、パソコンで操作できるフリーソフトを使った画像解析について、初心者を対象とした実習を行い、フェノーム解析の一端を体験していただきます。

開催日時


2018年11月27日(火曜日)-11月28日(水曜日)

開催場所


農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
情報共同通信利用館(電農館)3階 セミナー室
(つくば市観音台2-1-9)

対象


産学官の試験研究機関の研究者

コーディネーター


国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
生物機能利用研究部門 植物・微生物機能利用研究領域
植物機能開発ユニット長 土生芳樹

東京大学大学院新領域創成科学研究科 特任准教授
エルピクセル株式会社 最高技術責任者 朽名夏麿

定員


20名

参加費・その他


無料
 ※受講後のアンケート回答は必須です(5~15分程度)。
 ※全日程に参加することとし、代理の方の参加は認めていません。

交通費・宿泊費


各自負担(筑波産学連携支援センターの国内研修生宿泊施設をご利用頂けます。)
宿泊施設予約の有無は、受講決定後にお伺いします。


【バス時刻表】
つくバス南部シャトル時刻表(つくばバスセンター⇔農林団地中央)(PDF : 187KB)

関東鉄道バス(みどりの駅⇔農林団地中央)
関東鉄道バス(牛久駅⇔農林団地中央)

【TX時刻表】
つくばエクスプレス時刻表(平日)


講義と実習内容

2018年11月27日(火曜日)

10時00分-10時05分 【挨拶】農林水産省農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センターコーディネーション推進課長 加藤 隆
10時05分-10時55分 【講義】「画像解析の始め方: サンプリング、観察、撮影条件の検討と撮像」 朽名 夏麿(東京大学大学院・エルピクセル(株))
10時55分-11時35分 【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: インストールとサンプルデータのダウンロード 前半」 湖城 恵(上智大学)
11時35分-11時50分 【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: インストールとサンプルデータのダウンロード 後半」 朽名 夏麿
12時50分-13時20分  【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: ファイルの入出力、関心領域(ROI)の指定」 湖城 恵
13時20分-14時10分  【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: 補正・前処理・2値化・領域抽出」 朽名 夏麿
14時10分-15時10分  【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: 数・形態・分布の解析」 湖城 恵
15時25分-16時25分  【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: 色彩の定量的解析」 朽名 夏麿
16時25分-17時15分  【実習】「ImageJによる顕微鏡画像のオートファジー関連構造体の形態解析」 河岡 辰弥(東京大学大学院)

2018年11月28日(水曜日)

09時15分-11時15分 【実習】「ImageJ を使った画像解析実習: 多量のデータに対する処理の自動化」 朽名 夏麿
11時30分-11時55分 【講義】「ImageJによる作物葉色解析の具体例」 土生 芳樹(農研機構 生物機能利用研究部門)
13時00分-13時40分 【講義】「統計解析ソフトRを用いた表現型データの解析例」 鈴木 吾大(東京大学大学院)
13時40分-14時20分 【講義】「ディープラーニングによる画像解析」 大下 真弘(ITAGE(株))
14時20分-15時00分 【講義】「ドローンリモートセンシングの基礎」 坂本 利弘(農研機構 農業環境変動研究センター)
15時00分-15時20分 【フリーディスカッション】全講師
15時20分-16時00分 【実習】「受講者の画像サンプルを使った具体的な解析法の例示」全講師

お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2018年10月24日(水曜日)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 (WORD : 77KB)  (PDF : 228KB)
申込書 (WORD : 27KB)  (PDF : 206KB) 
アンケート  (WORD : 121KB)  (PDF : 250KB)

(2) 上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方で全日程受講希望者)

募集は締め切りました。

受講者決定

2018年11月2日頃、メールにてお知らせいたします。

資料1(PDF : 252KB) 資料4(PDF : 149KB)
資料2(PDF : 225KB) 資料5(PDF : 973KB)
資料3(PDF : 218KB)  

お問合せ先

農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  鈴木(すずき)、木暮(きぐれ)
電話:029-838-7136  メール:koryu7129.gif
お問い合わせフォームへ
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