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農林水産技術会議

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第221回農林交流センターワークショップ

次世代シーケンサーのデータ解析技術

趣旨

   近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要は急速に高まりました。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が著しいことから、自らデータを取得しかつ解析することが多くの研究過程で必須となっています。
   本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、NGSデータを扱う実践的な力を身につけることを目標とします。コマンドラインでのデータ解析を学び、また、我々が公開しているウェブサービスを利用することにより、NGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。

開催日時


2019年9月24日(火曜日)-9月27日(金曜日)

開催場所


農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
情報通信共同利用館(電農館) 3階 セミナー室 (つくば市観音台2-1-9)

対象


産学官の試験研究機関の研究者で、次世代シーケンサーのデータ解析に関心のある方
(ただし、LinuxやUnixの基礎的なコマンドを理解し、操作できることを前提とします。)

コーディネーター


国立研究開発法人  農業・食品産業技術総合研究機構  高度解析センター 
ゲノム情報大規模解析チーム チーム長 伊藤 剛 氏
ゲノム情報大規模解析チーム 主任研究員 田中 剛 氏

定員


30名

参加費


無料(受講後のアンケート回答は必須です(5~15分程度))

交通費・宿泊費


各自負担(筑波産学連携支援センターの国内研修生宿泊施設をご利用頂けます。)
宿泊施設予約の有無は、受講決定後にお伺いします。

その他


(公開講座「NGSデータ解析シンポジウム」
※こちらの講座は一般の方もご参加頂けます(要事前申込み:先着100名)
  
日時:2019年9月24日(火曜日)13時~17時
会場:筑波産学連携支援センター 本館2階 農林ホール(つくば市観音台2-1-9)


講義と実習内容

2019年9月24日(火曜日)※(公開講座)NGSデータ解析シンポジウム

13時00分-13時05分 【挨拶】農林水産省農林水産技術会議事務局  筑波産学連携支援センター コーディネーション推進課長  荒川 智幸
13時05分-13時10分 【趣旨説明】  田中 剛(農研機構 高度解析センター 主任研究員)
<講座内容1:NGSの技術に関して>
13時10分-13時50分 「植物種に応じたゲノムの解析法と利用法」  白澤 健太(かずさDNA研究所 先端研究開発部 主任研究員)
13時50分-14時30分 「NGSを活用した微生物研究:細菌叢解析から新規ウイルス探索まで」  中川 草(東海大学 医学部分子生命科学 講師) 
14時30分-15時10分 「Dovetail Hi-C+Chicagoによる染色体レベルのスキャフォールディング」  越後 輝敦(トミーデジタルバイオロジー株式会社)
<講座内容2:NGSを用いた研究の具体例について>
15時30分-15時55分 「アールスフェボリット・マスクメロンの全ゲノム解読」  矢野 亮一(農研機構 高度解析センター 主任研究員)
15時55分-16時35分 「果樹ゲノムが紐解いた「植物における性決定の進化」」  赤木 剛士(岡山大学大学院 環境生命科学研究科 准教授)
16時35分-17時00分 「昆虫におけるNGS解析」  横井 翔(農研機構 生物機能利用研究部門 兼 農業情報研究センター 研究員)

2019年9月25日(水曜日) 

09時00分-09時05分 【挨拶】 「本ワークショップについて」 伊藤 剛
09時05分-10時30分 【実習】「NGSデータ概論」 田中 剛(農研機構 高度解析センター)
10時30分-12時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する(1)」  坂井 寛章(農研機構 高度解析センター)
13時00分-14時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する(2)」 坂井 寛章
14時00分-17時00分 【実習】「ゲノム新規アセンブル」  矢野 亮一(農研機構 高度解析センター) 

2019年9月26日(木曜日)

09時00分-12時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の基礎」  川原 善浩(農研機構 高度解析センター)
13時00分-15時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の応用」  川原 善浩
15時00分-17時00分 【講義】「WindowsやMacでのNGSデータ解析環境構築」  佐藤 智之(みずほ情報総研株式会社 情報通信研究部)

2019年9月27日(金曜日)

09時00分-10時00分 【実習】「メタゲノム解析の基礎」  熊谷 真彦(農研機構 高度解析センター)
10時00分-12時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(1)」  田中 剛
13時00分-15時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(2)」  田中 剛



お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2019年8月20日(火曜日)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 (WORD : 85KB) (PDF : 389KB) 
申込書 (WORD : 27KB)   (PDF : 222KB)
アンケート (WORD : 106KB)  (PDF : 215KB) 


(2) 上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方で全日程受講希望者)

ワークショップの募集は終了しました。

受講者決定

2019年8月26日頃メールにてお知らせ致します。

資料1(PDF : 266KB) 資料4(PDF : 216KB)
資料2(PDF : 250KB) 資料5(PDF : 572KB)
資料3(PDF : 104KB)  




お問合せ先

農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  鈴木、木暮
電話:029-838-7136  メール:koryu7129.gif
お問い合わせフォームへ
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