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農林水産技術会議

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第213回農林交流センターワークショップ

次世代シーケンサーのデータ解析技術

趣旨

   近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要は急速に高まっています。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が著しいことから、既に非常に大きなデータを抱えてしまっている方は多く、単にセミナーを聴講して情報収集をするだけでは十分な対応ができなくなっています。
   本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、また経験者の最新情報を聴講することで、幅広い研究者がNGSデータを扱う基礎的な力を身につけることを目標とします。データ解析の基礎的な知識から説き起こし、一般的なコマンドラインでのデータ解析を経て、我々が公開しているウェブサービスを利用することにより、ユーザーにNGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。

開催日時


2018年9月25日(火曜日)-9月28日(金曜日)

開催場所


農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
情報通信共同利用館(電農館) 3階 セミナー室 (つくば市観音台2-1-9)

対象


産学官の試験研究機関の研究者で、次世代シーケンサーのデータ解析に関心のある方

コーディネーター


国立研究開発法人  農業・食品産業技術総合研究機構  高度解析センター 
ゲノム情報大規模解析チーム チーム長 伊藤 剛 氏
ゲノム情報大規模解析チーム 主任研究員 田中 剛 氏

定員


30名

参加費


無料(受講後のアンケート回答は必須です(5~15分程度))。

交通費・宿泊費


各自負担(筑波産学連携支援センターの国内研修生宿泊施設をご利用頂けます。)
宿泊施設予約の有無は、受講決定後にお伺いします。

その他


農林交流センターワークショップ(公開講座※こちらの講座は一般の方もご参加頂けます(要事前申込み)。
NGSデータ解析シンポジウム」  詳細はこちら
日時:2018年9月25日(火曜日)13時~17時
会場:筑波産学連携支援センター 本館2階 農林ホール

関連情報


第1回植物インフォマティクス研究会
 ※日本の植物科学関係者によってバイオインフォマティクスに関する研究会を発足します。
 開催日:2018年9月10日(月曜日)/場所:明治大学農学部(生田キャンパス第1校舎6号館)

第16回イネの機能ゲノミクスに関する国際シンポジウム
 ※日本では11年ぶりの開催です。Genome Informaticsに関する分科会が開かれます。
 開催日:9月5日(水曜日)~7日(金曜日)/場所:東京農業大学(世田谷キャンパス)

※上記に関するお問い合わせは、各窓口へお願い致します。


講義と実習内容

2018年9月25日(火曜日)※(公開講座)NGSデータ解析シンポジウム

13時00分-13時05分 【挨拶】農林水産省農林水産技術会議事務局  筑波産学連携支援センター コーディネーション推進課長  加藤 隆
13時05分-13時10分 【趣旨説明】  伊藤 剛(農研機構 高度解析センター チーム長)
<内容1:NGSの技術に関して>
13時10分-14時00分 「ゲノム解析術の進展:long readとone-site sequencing」  鈴木 穣(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授)
14時00分-14時50分 「10xGenomics社Chromiumを用いたゲノム・トランスクリプトーム解析」  郷 康広(生命創成探究センター 特任准教授) 
14時50分-15時20分 「Hi-Cデータを用いた染色体レベルのゲノムスキャフォールディング」  熊谷 真彦(農研機構 高度解析センター)
<内容2:NGSを用いた研究の具体例について>
15時30分-16時20分 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」  市橋 泰範(理化学研究所 バイオリソース研究センター チームリーダー)
16時20分-16時40分 「NGSを用いた農業害虫の薬剤抵抗性解析」  上樂 明也(農研機構 生物機能利用研究部門)
16時40分-17時00分 「シロイヌナズナ根端分裂組織におけるユニークなDNAメチル化パターン」  川勝 泰二(農研機構 生物機能利用研究部門)

2018年9月26日(水曜日) 

09時00分-09時05分 【挨拶】 「本ワークショップについて」 伊藤 剛
09時05分-10時30分 【実習】「NGSデータの基礎知識」 田中 剛(農研機構 高度解析センター)
10時30分-12時00分 【実習】「Rの基礎」  伊藤 剛
13時00分-15時00分 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する」 坂井 寛章(農研機構 高度解析センター)
15時00分-17時00分 【実習】「ゲノム新規アセンブルの方法論」  矢野 亮一(農研機構 高度解析センター) 

2018年9月27日(木曜日)

09時00分-12時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の基礎」  川原 善浩(農研機構 高度解析センター)
13時00分-14時00分 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の応用」  川原 善浩
14時00分-16時00分 【実習】「デスクトップPCに実習とほぼ同じ解析環境を構築する」  沼 寿隆(農研機構 高度解析センター)
16時00分-17時00分 【講義】「MacでNGSデータ解析環境を構築する」  佐藤 智之(みずほ情報総研株式会社 情報通信研究部)

2018年9月28日(金曜日)

09時00分-11時00分 【実習】「初心者でもGalaxyで簡単解析」  熊谷 真彦
11時00分-12時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(1)」  田中 剛
13時00分-15時00分 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(2)」  田中 剛



お申し込み方法

下記区分((1)または(2))により2018年8月21日(火曜日)までにお申し込みください(必着)。

農林交流センターワークショップでは、受講者についてはコーディネーターによる選考にて決定しております(抽選ではありません)。申込書は受講者選考の際の資料となりますので、応募理由を詳細に記入くださいますようお願いします。

(1)農林水産省関係の国立研究開発法人等に所属している方

下記の関係書式から申込書等をダウンロードし、機関の取りまとめ窓口を通じてお申し込みください。
申込書とアンケートを一緒にご提出いただく必要がありますのでご注意ください。

開催要領・日程表 (WORD : 88KB)  (PDF : 370KB) 
申込書 (WORD : 27KB)  (PDF : 203KB) 
アンケート  (WORD : 195KB)  (PDF : 254KB)


(2) 上記以外の方(大学・公立研究機関・民間企業等に所属している方で全日程受講希望者)

募集は締め切りました。

受講者決定

2018年8月31日頃メールにてお知らせ致します。

資料1(PDF : 248KB) 資料5(PDF : 973KB) 
資料2(PDF : 178KB)  資料6(PDF : 149KB)
 資料3(PDF : 101KB)  資料7(PDF : 190KB)
資料4(PDF : 91KB)  

お問合せ先

農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課  鈴木(すずき)、木暮(きぐれ)
電話:029-838-7136  メール:koryu7129.gif
お問い合わせフォームへ
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