第213回農林交流センターワークショップ
次世代シーケンサーのデータ解析技術
趣旨
近年、次世代シーケンサー(NGS)が広く利用されるようになり、農学など応用系の分野でも大量塩基配列データを扱う必要は急速に高まっています。NGSによる塩基配列決定は低コスト化が著しいことから、既に非常に大きなデータを抱えてしまっている方は多く、単にセミナーを聴講して情報収集をするだけでは十分な対応ができなくなっています。
本ワークショップでは、農林水産生物に関わる研究者が、実習を通してNGSデータ解析の実際を知り、また経験者の最新情報を聴講することで、幅広い研究者がNGSデータを扱う基礎的な力を身につけることを目標とします。データ解析の基礎的な知識から説き起こし、一般的なコマンドラインでのデータ解析を経て、我々が公開しているウェブサービスを利用することにより、ユーザーにNGSデータ解析の全体像を理解していただくことを目指します。
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関連情報 |
第16回イネの機能ゲノミクスに関する国際シンポジウム ※上記に関するお問い合わせは、各窓口へお願い致します。 |
講義と実習内容
2018年9月25日(火曜日)※(公開講座)NGSデータ解析シンポジウム
13時00分-13時05分 | 【挨拶】農林水産省農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター コーディネーション推進課長 加藤 隆 |
13時05分-13時10分 | 【趣旨説明】 伊藤 剛(農研機構 高度解析センター チーム長) |
<内容1:NGSの技術に関して> | |
13時10分-14時00分 | 「ゲノム解析術の進展:long readとone-site sequencing」 鈴木 穣(東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授) |
14時00分-14時50分 | 「10xGenomics社Chromiumを用いたゲノム・トランスクリプトーム解析」 郷 康広(生命創成探究センター 特任准教授) |
14時50分-15時20分 | 「Hi-Cデータを用いた染色体レベルのゲノムスキャフォールディング」 熊谷 真彦(農研機構 高度解析センター) |
<内容2:NGSを用いた研究の具体例について> | |
15時30分-16時20分 | 「フィールドアグリオミクスにより有機農業を科学する」 市橋 泰範(理化学研究所 バイオリソース研究センター チームリーダー) |
16時20分-16時40分 | 「NGSを用いた農業害虫の薬剤抵抗性解析」 上樂 明也(農研機構 生物機能利用研究部門) |
16時40分-17時00分 | 「シロイヌナズナ根端分裂組織におけるユニークなDNAメチル化パターン」 川勝 泰二(農研機構 生物機能利用研究部門) |
2018年9月26日(水曜日)
09時00分-09時05分 | 【挨拶】 「本ワークショップについて」 伊藤 剛 |
09時05分-10時30分 | 【実習】「NGSデータの基礎知識」 田中 剛(農研機構 高度解析センター) |
10時30分-12時00分 | 【実習】「Rの基礎」 伊藤 剛 |
13時00分-15時00分 | 【実習】「ゲノムシーケンシングデータを処理する」 坂井 寛章(農研機構 高度解析センター) |
15時00分-17時00分 | 【実習】「ゲノム新規アセンブルの方法論」 矢野 亮一(農研機構 高度解析センター) |
2018年9月27日(木曜日)
09時00分-12時00分 | 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の基礎」 川原 善浩(農研機構 高度解析センター) |
13時00分-14時00分 | 【実習】「RNA-Seqによる大量発現データ解析の応用」 川原 善浩 |
14時00分-16時00分 | 【実習】「デスクトップPCに実習とほぼ同じ解析環境を構築する」 沼 寿隆(農研機構 高度解析センター) |
16時00分-17時00分 | 【講義】「MacでNGSデータ解析環境を構築する」 佐藤 智之(みずほ情報総研株式会社 情報通信研究部) |
2018年9月28日(金曜日)
09時00分-11時00分 | 【実習】「初心者でもGalaxyで簡単解析」 熊谷 真彦 |
11時00分-12時00分 | 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(1)」 田中 剛 |
13時00分-15時00分 | 【実習】「複雑なNGSデータ解析のGalaxyによる実現(2)」 田中 剛 |
お問合せ先
農林水産技術会議事務局 筑波産学連携支援センター
コーディネーション推進課
電話:029-838-7136 メール:
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